マッドスキッパーは川の河口から浅海の潮間帯にかけての、底質が泥や砂泥の干潟に生息します。そのため、日本では、太平洋岸は東京よりも南のエリアに、日本海側は山口県のごく一部から九州にかけてと、琉球列島で見ることができます。東北の太平洋岸はリアス式海岸で干潟は見られないし、日本海側は川の河口から海にかけて急激に深くなっているところが多く、干潟が発達しにくい地形なので、マッドスキッパーの仲間は生息していません。単に気温が低いからこのようなエリアにトビハゼがいないというわけではありません。なぜなら、東北と同緯度エリアの韓国には干潟があり、そこにはトビハゼの仲間が見られるからです。
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