トビハゼは日本では、首都圏が北限です｡その中で分布が報告されているのは、千葉、東京、神奈川で、東京湾の最奥部に集中しています｡その中で2005年現在、もっとも有名なエリアは、江戸川放水路です｡各地点の詳しい情報はリンク先を見てください｡

• 千葉県　 C-1：　谷津干潟　(谷津干潟友の会・谷津干潟自然観察センター)
• 　　　　　 C-２：　千葉県内の干潟　(瑠璃の魚篭)
• 東京都　 T-1：　江戸川放水路・行徳橋下　(江戸川河川事務所)
• 　　　　　 T-２：　荒川河口域　(下平井水辺の楽校)
• 　　　　　 T-３：　東京港野鳥公園　(東京港野鳥公園)
• 神奈川県 K-1： 多摩川河口　(海辺つくり研究会・神奈川県水産総合研究所内水面試験場）

　　静岡から三重にかけての太平洋ベルト地帯では、その名のごとく沿岸開発が盛んなために、干潟がどんどん姿を消してしまって｢前はトビハゼも見えたけどね･･･｣という言葉がよく聞かれます｡
　最近では少しずつ戻ってきているという情報もあります。

• 静岡県　S-1：　文献「まもりたい静岡県の野生生物」（静岡県環境森林部)
• 愛知県　A-1：　汐川干潟　(汐川干潟を守る会)
• 愛知県　A-2：　土留木川　（知多自然観察会）
• 愛知県　A-3：　庄内川河口　（TV;Let's　ドン・キホーテ）
• 三重県　M-1：　員弁川河口　(三重県ホームページ)

　　近畿圏で太平洋に面しているのは、和歌山、大阪、兵庫です｡大阪湾は非常に内湾性で流入河川が多いので、泥の干潟がたくさんあったと思われますが、2005年現在ではその跡形もありません(ToT)
　兵庫では西部にわずかに自然が残っているところがあり、そこでトビハゼが確認されているようです｡和歌山は複雑な海岸線のため、磯と干潟とが混在しているところで、干潟のあるところにはトビハゼがいるようです｡

• 和歌山県　W-1：　田辺湾　（内之浦干潟親水公園)
• 　　　　　 　W-2：　有田川河口　（有田市立箕島小学校ホームページ）
• 　　　　　　 W-3：　紀ノ川河口　（わかやま海域環境研究機構）
• 兵庫県　 　H-1：　加古川　（河川局ホームページ）
• 　　　　　 　H-２：　揖保川　（河川局ホームページ）
• 　　　　　 　H-３：　相生市千種川？　(相生市の散歩道)

瀬戸内海沿岸は、潮の干満が大きく、外洋からの波の影響がとても少ないので、良質の泥干潟が形成されやすいところです｡しかし、その分埋め立てやすく、工業地として発達した広島にはほとんど干潟が残っていません｡そのためにトビハゼの生息域が非常に限られてしまっています｡

• 岡山県　O-1：　吉井川河口　（）
• 　　　　　 O-2：　旭川河口　（旭川デジタルマップ）
• 　　　　　 O-3：　笠岡湾　（）
• 広島県　 H-1：　竜島沿岸域　（中国新聞掲載記事）
• 山口県　 Y-1：　屋代島　（）
• 　　　　　 Y-2：　佐波川　（）
• 　　　　　 Y-3：　小郡地域　（）
• 　　　　　 Y-4：　宇部・厚東川　（）
• 　　　　　 Y-5：　小野田　（）
• 　　　　　 Y-6：　吉田川　（）