トカゲハゼは、日本では沖縄本島にしか生息していません。それも、非常に限られたところにしか生息していません。もっとも個体密度が高いのは泡瀬干潟ですが、現在埋め立て対象になっており、トカゲハゼの生存率がどんどん下がっている状況にあります。沖縄本島のトカゲハゼは日本でここしかいないということだけでなく、世界中のトカゲハゼの生息地の中でもっとも北にある北限地にあたりますということからも非常に貴重なのです。
トカゲハゼは非常にゆるい泥干潟の、開けたところに生息しており、日中の干潮時には泥の上で主に藻類を食べています。潮が満ちてくると、自分の巣穴の中に隠れます。
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