ミナミトビハゼは、日本では琉球列島に広く分布しています。マングローブ林床内から水際縁にかけて生息しています。つまり、あんまり日がかんかんに照るようなところよりは、すぐに隠れることができる陰があるところを中心に生活しています。トビハゼと同様に、冬になると泥に穴を掘って隠れて出てこなくなります。隠れている期間は南に行くにつれて短くなり、私の住む西表島では1月末から2月半ばくらいの3週間ほどです。ただし、冷たい雨が降り続いたり、よい天気が続いたりするとこの期間は大きく変わります。
今のところ、日本では琉球列島の多くの島で確認されていますが、本州では生息が確認されていません。体の地色は茶色〜褐色で、白や薄いコバルトブルーの細い線がたくさんお腹あたりにあります。それ以外のところにも、小さなキラキラ光る点がたくさん散在しています。うろこが大きめなためにヘビ皮のように肌のきめがあらく見えます。
腹ビレの形は、二つは根元がとても近いですが癒合していません。補強するような膜もありません。ぱっとみ、蝶ネクタイ型に見えます。
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